Il est beaucoup plus probable que la gonorrhée provoque des symptômes chez les hommes que chez les femmes. Les premiers symptômes apparaissent généralement entre 2 et 7 jours après l'infection, mais surviennent parfois plusieurs mois plus tard. Chez les hommes, Du pus jaune ou verdâtre s'écoule du pénis, et la personne atteinte a fréquemment besoin d'uriner. Le fait d'uriner provoque souvent une sensation de brûlure parfois intense. Il arrive que l'orifice du pénis soit rouge et enflé.
Les femmes n'éprouvent généralement aucun symptôme, sauf s'il y a des complications. Certaines éprouvent des douleurs en urinant. Quelques-unes constatent des écoulements vaginaux importants qui proviennent en fait du col de l'utérus. Les écoulements sont généralement jaunes ou verts, mais ils peuvent aussi contenir du sang. Leur odeur est souvent désagréable. Chez les femmes, les symptômes n’apparaissent souvent pas. Pour la majorité d'entre elles, le diagnostic n'est établi que lorsque leur partenaire reçoit un traitement.
Les femmes présentent peu de symptômes, mais elles sont plus sujettes aux complications graves de la gonorrhée. Si elle n'est pas traitée, la gonorrhée peut progresser dans l'urètre et le col de l'utérus et atteindre d'autres organes pelviens. Il en résulte alors une salpingite, un trouble qui touche plus de 20% des femmes atteintes de la gonorrhée et qui peut entraîner l'infertilité. Les symptômes associés à la salpingite peuvent comprendre de la douleur au niveau du pelvis, de la fièvre, une sensibilité au niveau de l’abdomen, et des pertes vaginales. La principale complication, chez les hommes, est l'épididymite (une inflammation de la partie des testicules où les spermatozoïdes sont conservés), qui peut causer une infertilité si on ne la traite pas.
D'autres complications relatives à la gonorrhée peuvent apparaître lorsque la bactérie se propage par la circulation sanguine, ce qui peut entraîner une inflammation et des douleurs articulaires (arthrite) et hépatiques (périhépatite), ainsi qu'une infection potentiellement grave des valves cardiaques (endocardite).
La gonorrhée de la gorge ne présente habituellement pas de symptômes, mais il arrive qu'elle provoque un mal de gorge qui rend la déglutition difficile. La gonorrhée des yeux est grave et peut entraîner la cécité, si elle n'est pas traitée.
Chez certaines personnes souffrant de gonorrhée, les symptômes se manifestent au rectum, par des démangeaisons et des écoulements, ou encore par des douleurs à la défécation.